Nelle fondamenta della Basilica venne ricavata fin dal 1947 una cripta; essa recentemente è stata completamente trasformata su progetto di R. Scrimieri, F. Genco, M. Caproni; è stata inaugurata il 19 Maggio 1988.
L'insieme è molto armonico; la semplicità favorisce il raccoglimento e la preghiera. In fondo al presbiterio vi è l'immagine del Sacro Cuore di Gesù, una bella tela di L. Filocamo. Sotto l'altare è un paliotto in marmo con Ultima Cena di E. Pellini,che ha scolpito anche le statue che ornano le pareti tutto intorno. 
La croce astile con Crocefisso, gli scanni per i celebranti, l'ambone, l'altare, in marmi policromi, sono di A. Marrocco. Le sue pregevoli vetrate con i santi agostiniani umbri, intercalati con paesaggi del loro ambiente, danno all'insieme un tocco di colore e di luce.  
Nel transetto destro il Marrocco con la consueta abilità ha realizzato la cappella del Miracolo Eucaristico e del Beato Simone, posti qui dall'arcivescovo di Spoleto - Norcia mons. Antonio Ambrosiano il 19 Maggio 1988.
Sotto i pilastri c'è l'accesso alla Sala degli ex-voto, visitabile su richiesta.
Nel transetto sinistro . Qui è situata la tomba della Beata Maria Teresa Fasce.

 

 

 

 

 

Il miracolo Eucaristico è custodito dentro il tabernacolo di pietra e cristallo, con ai lati due pannelli in marmo che raffigurano le due parti di un libro aperto.
Nell'anno 1330 a Siena un sacerdote chiamato a portare la S. Comunione a un malato pose l'ostia nel breviario. A casa dell'infermo vide che l'ostia era diventata sangue. Andò a confessare l'accaduto al Beato Simone Fidati, che portò la Reliquia a Cascia. Nel 1389 il Papa Bonifacio IX confermò l'autenticità del miracolo.

Il frammento di carta pergamenaceo misura mm. 52 x 44. Guardandolo in  controluce si nota che le macchie di sangue hanno formato il profilo di un volto umano. Nel sarcofago di pietra, finemente sbozzato, sono collocati i resti del Beato Simone Fidati. Nato a Cascia nel 1285 circa, da giovane abbandonò la vita agiata entrando nell'Ordine di S. Agostino.

Ordinato sacerdote, fu grande predicatore e guida spirituale; scrittore in latino e    in italiano ci ha lasciato preziosi scritti di teologia e spiritualità. Morì a Roma il 2 Febbraio 1348; la sua festa è celebrata il 16 Febbraio.
La Beata, Maria Teresa Fasce, nata a Torriglia di Genova nel 1881 e morta a Cascia il 18.1.1947, ha dedicato la sua vita a far conoscere S. Rita. Ha fondato il bollettino "Dalle Api alle Rose" nel 1923, l'orfanotrofio femminile, il nuovo Santuario. E' stata Beatificata da S.S. Giovanni Paolo II, il 12 Ottobre 1997